Sabemos que hay diferencias en la composición de la microbiota entre pacientes sanos y pacientes que presentan sensibilidad alimentaria. Las alteraciones de la microbiota pueden provocar cambios de la forma en la que el sistema inmunitario reconoce a los alimentos de una forma u otra, y reacciona o no ante ellos.

No debemos confundir la sensibilidad alimentaria con la intolerancia alimentaria, que es una reacción anormal en la que no interviene el sistema inmunitario del individuo, siendo considerada una respuesta funcional anormal a un componente alimentario concreto (por ej. lactosa, fructosa, etc.)